Ellzee liegt am westlichen Rand des Landkreises Günzburg an der Bundesstraße 16. Nächste Autobahnanschlussstelle ist Günzburg an der Bundesautobahn 8, etwa 11 Kilometer entfernt. Die Stadt Krumbach weiter auf der B16 nach Süden ist nach 12 km erreicht.

Ellzee hat einen Haltepunkt an der Mittelschwaben-Bahn Mindelheim - Krumbach - Günzburg, wo ungefähr stündlich Regionalbahnen verkehren.